Asal mula Desa Makapa  : Pada bulan Agustus1980 serombongan warga berasal dari Propinsi  Bali,Lombok dan Jawa tiba di wilayah yang masih hutan belantara yang berjumlah 480 KK, yang di bagi menjadi empat dusun terdiri dari : Dusun I 140 KK, Dusun II 100 KK, Dusun III 140 KK dan Dusun IV 100 KK. Pada tahun 2006 Desa Makapa di Mekarkan menjadi dua Desa Yaitu Desa Makapa dan Desa Mekar Sari karena berjauhan wilayahnya.

Pada awalnya Desa Makapa termasuk kawasan binaan Transmigrasi Unit XVI Kecamatan Batui Kabupaten Banggai Propinsi Sulawesi Tengah dan dibina oleh Kepala Unit Pemukiman Transmigrasi (KUPT)  :

1. Bapak Sukiran, B.Sc Tahun 19780 - 1981
2. Bapak Prasetio Darmo Tahun 1981 – 1983
3. Bapak Achmad S Barapadang Tahun 1983 - 1986

Konon sejarah nama “ Desa Makapa “ Dahulu ada satu perkampungan dimana satu rumah tangga yang pada saat itu membuat onyop/Bapeda ( Makanan yang di buat dari Sagu ) setelah selesai membuat onyop salah satu anggota keluarga mempermainkan makanan tersebut dengan melemparkan bapeda keatas secara berulang – ulang kali sehingga bepada tersebut menempel pada bagian rumah, tiba tiba ada seekor kucing berlari berusaha mengambil bapeda tersebut, lalu semua keluarga menertawakan kucing tersebut, berselang beberapa menit kemudian terdengar suara guntur dan tiba-tiba perkampungan itu longsor dan seluruh masyarakat tertimbun tak satupun ada yang hidup. Dengan dasar cerita tersebut maka oleh orang Suku TA’A desa ini di namakan Makapa yang bersal dari TA’A yang artinya hampa

Hari demi hari tahun demi tahun, aktivitas warga mulai normal dengan mata pencaharian petani  mulai menghasilkan dan pemerintahan desa pun bisa diwujudkan dengan cara demokrasi atas binaan Departemen Transmigrasi, sehingga sampai saat ini telah mengalami sepuluh kali pergantian kepemimpinan Desa Makapai masing – masing adalah :

1. Bapak I Wayan Leteg
2. Bapak I Gusti Putu Subamia
3. Bapak I Nengah Sariantha
4. Bapak M. Yunus, SE
5. Bapak I Nyoman Sumerta
6. Bapak Sofian Datu Adam,SH
7. Bapak I Ketut Suantara
8. Bapak I Nyoman Gita,S.Pd.M.MSip
9. Bapak I Ketut Wirya
10. Bapak I Ketutt Suantara